，都亲自处理。即使是这样，他仍然担心宰相始终在威胁着他和他的子孙后代的统治，经过多年的考虑和谋划，他终于下决心废除宰相制度。
大明天子之宝印朱元璋即位后立了两个丞相，就是左丞相李善长和右丞相徐达。由于当时徐达经常在外面领兵作战，所以实权掌握在李善长之手。史称李善长“少读书，有智计，习法家言，策事多中”。朱元璋与李善长关系很好，彼此意气相投。朱元璋把李善长看做是萧何、张良式的人物，从指挥作战到军资供应，李善长经常参与。明朝建立后，许多政策、法规、制度、礼节和仪制等，也都是由李亲自制定，或者由他牵头完成。所以，在最初得以封公的六人中他居于最先的地位（其他五人是徐达、常遇春的儿子常茂、李文忠、冯胜和邓愈）。然而，明朝建国以后，以李善长为首的淮西集团权力过分膨胀，从而导致皇权与相权的矛盾逐渐激化，朱元璋也对李越来越不满意。洪武四年（1371年），李善长因为长期患病在家休息，很多天没有能够前往中书省处理政事，他心里感到不安，于是上疏恳请致仕（退休）。他这样做的目的一是表示未能尽职而有愧于朱元璋的信任；二是想借此试探一下朱元璋对他的态度，这是历代大臣惯用的一招。然而出乎他意料之外的是，朱元璋并没有像他设想的那样挽留他，而是马上批准了他的请求，让他回家去了。李善长退休后，由于徐达仍然在进行北伐，中书省的工作不能没有人主持，朱元璋于是提拔了追随自己多年的汪广洋为丞相。汪广洋为人小心谨慎，廉明持重，所以朱元璋对他放心。但是汪广洋能力一般，办事乏力，事事请示，又令朱元璋十分失望。李善长趁机将自己的亲信胡惟庸推荐进入了中书省。胡惟庸精明强干，又得到李的指点和他的旧部支持，加上胡惟庸善于逢迎，很得朱元璋的欢心，洪武十年（1377年），朱元璋升胡惟庸为左相，而汪广洋被降为右相。不久，汪广洋被朱元璋以“无所建白”贬到了广东，不久找了个借口把他杀了。于是胡惟庸大权独掌，飞扬跋扈，专擅朝政，独断专行，趾高气扬，权倾一时。官员向皇帝上疏奏事，必先经他审阅，只要是对自己不利的他便扣留下来，同时他还大肆收受贿赂、卖官鬻爵。大将军徐达深恶其奸，将他的不法之事上告朱元璋，胡惟庸得知后，企图陷害徐达。后来朱元璋的重臣刘基（伯温）暴病而死，于是朝中出现了一些不利于胡惟庸的传言，这更加坚定了朱元璋除掉胡惟庸的决心，不久，有人上告胡结党谋反，朱元璋立即下令严格追查。洪武十三年（1380年），朱元璋以“擅权植党”罪处死胡惟庸，十年后，又以“善长元勋国戚，知逆谋不发”、“大逆不道”为名，杀死李善长及其家人70余口，并下令肃清逆党，前后受到牵连被杀的人多达三万，至此，淮西集团被一网打尽。洪武二十六年，又大兴蓝玉党案，再次屠杀一万五千多人。胡蓝之狱使开国功臣几乎被杀得一干二净。
另外一个丞相徐达也没有能够善终。洪武十八年，徐达生背疽，忌吃蒸鹅，病重的时候，朱元璋故意赐以蒸鹅派人送去，徐达含泪吃下，不久死去。至此，明朝初年所任命的几个丞相全部被杀。
胡惟庸、蓝玉被杀固然是咎由自取，罪有应得，但受到牵连的人很多是无辜的。究其原因，就是朱元璋为了消除潜在威胁，强化皇权。朱元璋杀胡惟庸之后下了一道诏书，说：“自古三公论道，六卿分职，不闻设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者中多有小人，专权乱政。今罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，事皆朝廷总之。以后嗣君，勿得议置丞相，臣下此请者，置之重典。”明代官吏常服这显然是在为废除中书省和左右丞相寻找借口，他废除丞相的真正原因并不是由于设置丞相就会“不旋踵而亡”，而是在于丞相权力过大，容易造成皇权的削弱。为了加强皇权，朱元璋废除中书省和丞相，“事皆朝廷总之”，就是为了使皇权兼并相权，以便大权独揽，威临天下。
著名明史专家吴晗早在1934年曾经撰文《胡惟庸党案考》，指出朱元璋兴胡蓝之狱的原因：“胡惟庸的本身品格，据明人诸书所记是一个枭猾阴险专权树党的人。以明太祖这样一个十足地自私惨刻的怪杰自然是不能相处在一起。一方面深虑身后子孙懦弱，生怕和他自己并肩起事的一般功臣宿将不受制驭，因示意廷臣，有主张的施行一系列的大屠杀，胡案先起，继以李案，晚年太子死复继以蓝案。胡惟庸的被诛，不过是这一大屠杀的开端。”
朱元璋废宰相（2）
朱元璋废除丞相制度，使相沿一千余年的宰相制度至此销声匿迹，君权、相权合二为一，使封建君主集权专制制度发展到了最顶峰。从唐代中期以后君主集权和分割相权的总的趋势来看，明代最终废除宰相制度，也是宰相制度的必然归宿。而权力的高度集中也使朱元璋成为历史上空前忙碌的皇帝，后人据史书记载统计，仅在洪武十九年九月十四日到二十一日，朱元璋就处理诸司奏章1660件，平均日处理200多件。这使他感到十分劳累，所以他对身边的侍从说：“朕自即位以来，尝以勤励自勉，未旦即临朝，晡时而后还宫，夜卧不能安席。”
内阁的形成（1）
明《杏园雅集图卷》
朱元璋废除宰相制度以后，大权独揽，他既是国家的最高统治者，又是政府事务的最高负责人，大小庶务，事必亲躬，每天批阅的奏章140件以上，最多的时候甚至达到200多件。而个人的精力毕竟是有限的，精力再旺盛的皇帝也不可能亲自处理每件事情，于是在洪武十三年（1380年）九月，开始设置“四辅官”，协助皇帝处理政事。不久废除“四辅官”，于洪武十五年（1382年）设殿阁大学士若干人，侍从皇帝左右，随时备皇帝顾问，这就是“内阁”的前身。内阁大学士的办公场所在中极殿、建极殿、文华殿、武英殿以及文渊阁和东阁。因为这些地方都在内廷，所以他们也明代大学士就被称为内阁学士或内阁大学士，其官阶仅有五品，相比二品的六部尚书，内阁学士在朝廷的地位并不高。上朝时，大学士的朝位班次排在尚书的后面。太祖时，内阁学士仅仅是皇帝的顾问，遇到皇帝有不太清楚的事，可以随时问问他们，让他们拿出意见，以供皇帝参考。从前批阅奏章是宰相的事，现在朱元璋废掉丞相，只好亲自批阅奏章。太祖、成祖都比较勤政能够亲自处理政事，只是有时口头吩咐大学士代笔拟旨，大学士只是充当秘书角色。
内阁刚刚设立的时候，它的权力根本无法和原有的中书省相比，内阁大学士也不同于丞相。朱元璋对内阁做了严格规定：如内阁下面不得设置任何属僚，内阁大学士的官阶为五品，他们必须按照皇帝的意志办事，无权干预其他部门的事务，不得参与签署诏令，更无权以部门或个人的名义下达任何指示命令，各部门奏事也不许报告内阁。可见，当时的内阁完全是一个辅助性的办事机构，大学士也不过是一些与皇帝比较接近的文书工作人员而已。他们的职责仅是“详诸司奏启”，名称只能使用“翰林院兼平驳诸司文章事某官”，可见内阁大学士纯粹是事务性的，而非政务性的职务。所以起初大学士不过是皇帝的私人秘书，决策大权是被皇帝控制着的。洪武时期的内阁大学士，“职卑位微”，“帝方自操咸柄，学士鲜所参决”。
使内阁的设立制度化的是明成祖朱棣，也是在这时内阁的职权范围才发生重大的变化。朱棣虽然不敢违反朱元璋所立的不得议置丞相的规定，但又不愿意为了亲自处理政务累得筋疲力尽，于是他采取了一种变通的方式，挑选解缙、胡广、杨荣、杨士奇、胡俨、金幼孜、黄淮等七位年轻而有才能的士人进入内阁，加以重用，在诸如有关和战、立储、用人、征调或蠲免赋役等重大军国政务上，经常征求他们的意见，使他们参与讨论国家的核心机密。但即使如此，在朱棣当政的22年中，内阁学士的品级依然很低，一直都没有超过正五品。
明《杏园雅集图卷》到了明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基以后，内阁的地位和作用有了进一步的提高。因为朱高炽和朱瞻基登极时，朱棣时期受到重用的内阁大学士如杨荣、杨士奇、杨溥等人都还在位，并以前朝旧臣元老的地位和极深的资历受命辅政，加上皇帝年幼，只得把政务交给内阁办理，于是内阁的权力逐渐加重。从明英宗朱祁镇开始，后面的历届皇帝差不多都是荒怠懒惰或宠信宦官的人，他们往往会将政务交给内阁处理。于是，内阁地位进一步提高。内阁地位提高的一个显著标志是内阁拥有了“票拟”大权。票拟也叫做票旨、条旨，就是所有的章奏先由内阁大学士看过，然后用一个小纸条写上处理意见，再送进宫里由皇帝最终决定，这叫做“条旨”。皇帝看过以后，把纸条撕了，再亲自用红笔写上意见，叫做“批红”，亦称“朱批”。皇帝批好了拿出去由下面执行，这就是正式的谕旨。在君主专制体制下，拥有代替皇帝起草批示的权力，代表着具有绝对权威的“皇言”，其重要地位是可想而知的。但是，内阁的“票拟”终究不过是给皇帝提供参考的初步意见，最后的决定权还在皇帝手中。内阁权力的有无及大小，内阁实际地位的高低，也主要体现在其所写“票拟”被采纳的程度上。洪熙、宣德时期，三杨（杨士奇、杨荣、杨溥）以及万历前期张居正的“票拟”，差不多都转化为“朱批”的蓝本，在这种情形下，内阁权力迅速增大就成为可能。
随着内阁权力的不断增大，内阁成为一个重要的部门，于是，从明朝中后期开始，内阁大学士开始由尚书担任，而这些尚书有的还担任太保、太傅、少保、少傅等，有很高的政治地位，官阶为正一品，于是六部尚书有事只好请示内阁大学士，这就使他们实际上成为内阁的下属，等于又恢复了中书省统率六部的旧制。后来内阁大学士又按地位高低顺序，分为首辅、次辅、群辅，首辅“偃然汉唐宰辅，特不居丞相名耳”。在这种情况下，内阁便有了宰相化的发展倾向，个别内阁辅臣的权力也像以前的丞相那么大了，于是相继出现了像夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正等没有丞相之名却有丞相之权的“权相”。正像谭天星在他的《明代内阁政治》中所说那样：“内阁虽无相名，实有相职；虽有相职，实无相权；既无相权，却有相责。”朱元璋永远废除丞相的规定事实上被完全破坏了。
内阁的形成（2）
明朝传国将近三百年，最初的皇帝还能亲自到内阁商议政事。但是后来的皇帝就不能常到内阁，而是由内阁条旨票拟送进去批。有几个皇帝甚至长期不问政事，如明神宗万历皇帝，他做了四十八年皇帝，有二十几年没有上过朝，有的朝臣从开始做官直到退休都没有机会见他一面。从宪宗到熹宗，前后167年，皇帝都没有召见过大臣，更不用说到内阁议事了。于是皇帝和内阁的联系，就开始通过太监沟通。皇帝有事交给太监，再由太监交给内阁；同样，内阁有事，也先报给太监，再由太监上呈皇帝，这就给了太监弄权的机会。有的皇帝甚至将批红的权力也交给了太监，明英宗以后，宪宗、武宗、穆宗、熹宗等皇帝都特别宠信宦官，经常将“批红”的大权都交给了宦官头子，于是内阁的职权受到宦官的钳制。出现了内阁与司礼监双轨辅政的局面。明中叶以后，王振、汪直、刘瑾、魏忠贤等著名的大宦官，在他们得势时都大力压抑和控制着内阁，使明朝历史上出现了最为严重的宦官专权的黑暗政治局面。在这种情形下，内阁学士要想有所作为，必须首先巴结太监。因为内阁学士根本见不到皇帝，不讨好太监，他们的意愿、设想便不能被皇帝得知。即使是著名的大政治家张居正也不能例外，身为内阁首辅，他也只能通过给太监行贿，在他们的帮助下才最终掌握实权，才有机会进行改革。而这一切，恐怕是朱元璋始料不及的。
“明称贤相，必首三杨”（1）
杨士奇像所谓“三杨”，指明朝前期内阁大学士杨士奇、杨荣、杨溥三人，他们都是历经成祖（永乐）、仁宗（洪熙）、宣宗（宣德）、英宗（正统）四朝（1403～1449）的宰辅重臣，在朝臣中德高望重、声誉卓越，是明朝前期政坛上的风云人物。因居地、郡望不同，时人称杨士奇为“西杨”，杨溥为“南杨”，杨荣为“东杨”。在他们的合力辅