根据以上两点，不能说被杀的460余人中没有儒生而全是方士，但由其代表人物为侯、卢二生可推知，被杀者的主体应是方士，其被杀的原因更与儒家的政治主张或学派观点无关。因此，不能说秦始皇是“坑儒”，只能说是“坑方士”。但是，关于“焚书坑儒”，占主导的观点还是赞同传统的说法，即秦始皇坑的是儒，而非仅仅是方士。只是在坑儒的次数上，颇有争论。
争议之二，秦始皇坑儒次数以及人数。对于这一问题，《史记》、《资治通鉴》、《藏书》以及现代的《中国通史简编》，都说始皇坑儒仅有一次，即公元前212 年的那一次。剪伯赞主编的《中国史纲要》也认同这一观点，书中这样写道：“第二年（公元前212年）又发生了坑儒事件。起因是有些书生队始皇不满，说他‘专任刑律’、‘乐刑杀为威’等等，秦始皇以为他们‘或为妖言，以乱黔首’，就把他们逮捕，严刑拷问。先后逮捕了460多名儒生，最后全部在咸阳坑杀。但也有一些材料记载：秦始皇起码坑了两次儒。第一次是在咸阳坑儒460 余人，这是公开坑杀。其目的是想“杀鸡做猴”；“使天下知之”； 以惩效尤。第二次规模更大，一下坑了700 余人，不过采取的是秘密暗害的手段，方法也更为“巧妙”和残忍。东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑博士诸生集于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土埋杀，七百多名儒生全部被活埋在山谷里，外人不得可知，一直隐瞒了二百余年之久。后来唐朝张守节编写《史记正义》时，将这段史料编入了史书。唐朝颜师古注《汉书？儒林外传》也引用了这段故事。
有人认为，既然载入了《史记？ 儒林传正义》，秦始皇骊山坑儒应当是是事实，只不过因为手段秘密，当时人知之者甚少，极少数知情者又不敢公开罢了。不过，也有人虽不否认骊山坑儒的史实，但却认为秦始皇坑儒只是一次，至于咸阳坑儒、骊山坑儒，是一件事的两次不同记载。不过，这种说法的支持者不多。因为这两次坑儒差异太大：一次是在咸阳公开坑杀，另一次是在骊山温谷秘密坑埋；前一次是460人，后一次是700余人。尤其需要指出的是，首次记述秦始皇第二次坑儒的卫宏是一名治学态度相当严谨的学者，他的著作都是经过长期的深入采访、研究、整理才写出的，学术价值很高。加之东汉光武帝比较开明，重视学术研究，所以卫宏揭露的秦始皇第二次坑儒真实度很高。
这一说法得到了不少人的认同。元代史学家在《文献通考》卷四十《学校考》记载：“始皇使御史案问诸生，转相告引，至杀四百六十余人。又令冬种瓜骊山，实生，令博士诸生就视，为伏机，杀七百人。”《太平御览》所引《古今奇字》记述也同意这一说法：“秦始皇密令人种瓜于骊山硎谷温处，瓜实成，使人上书曰：瓜冬有实。诏下博士诸生说之，人人各异。则皆使往视之，而为伏机，诸儒生皆至，方相难不决，因发机，从上而填之以土，皆压死。”有人据此认为，秦始皇坑儒不止发生一次，并且进一步指出秦始皇第二次坑儒的原因：因为第一次只坑杀了在京都的四百六十余博士、诸生，广大儒生还散布在全国各地，更加强烈的继续反对秦始皇的暴政，就连秦始皇的长子扶苏也说：“天下初定，远方黔首来集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”这种说法也有一定的道理，有其当时的历史背景。所以秦始皇坑儒到底几次，多少人，至今没有统一的答案。其实，460人也好，700人也好，焚书坑儒（即使所坑是方士）属于一种极端残忍的野蛮行为，秦始皇也因“坑儒”之举背上千古骂名。然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”以及数量等谜团还是没有解开。
韩非为何被杀
韩非（约前280—前233） 战国后期重要的思想家，韩国的贵族，“喜刑名法术之学”，后世称他为韩非子。他和李斯都是荀子的弟子。当时韩国很弱，常受邻国的欺凌，他多次向韩王提出富强的计策，但未被韩王采纳。韩非写了《孤愤》《五蠹》等一系列文章，这些作品后来集为《韩非子》一书。秦王嬴政读了韩非的文章，极为赞赏。他对左右说：“寡人得见此人与之游，死不恨矣”，大有相见恨晚之意。但是韩非到秦国之后，并没有如秦王所言那样，反而被投进牢狱，不久就被处死。有关他的死因，从西汉起就有不同的说法，至今学术界仍无定论。
一种意见认为，韩非死于李斯的嫉贤妒能。据《史记？老子韩非列传》记载：韩非出身于韩国贵族世家，曾与后来在秦国飞黄腾达的李斯同为荀况的学生。他不善言谈，但很会写文章，连李斯也自认不如他。韩非曾上书韩王实行变法。但他的建议未被采纳，只得退而著书立说，以阐明其思想。他的著作传到秦国，秦王读后大为钦佩，于是秦王下令攻韩国，韩王派韩非出使秦国。秦王得到韩非后很高兴，这使李斯非常嫉妒，害怕自己的地位被韩非所取代，于是伙同大臣姚贾，在秦王面前说韩非坏话，伺机将他置于死地。韩非因而被关进监狱，不久在狱中服毒自杀，而送给他毒药的就是李斯。《史记？老庄申韩列传》对此也有记载：“李斯、姚贾害之，毁之曰：‘韩非，韩之诸公子也。今王欲并诸侯，非终为韩不为秦，此人之情也。今王不用，久留而归之，此自遗患也，不如以过法诛之。’ 秦王以为然，下吏治非。李斯使人遗非药，使自杀。韩非欲自陈，不得见。秦王后悔之，使人赦之，非已死矣。”此外《史记？秦始皇本纪》也记载“韩非使秦，秦用李斯谋，留非，非死云阳”。根据司马迁的意思，韩非是死于李斯的嫉妒陷害。
有的学者认为上述意见不能成立，《史记》中的记载，不仅歪曲了历史的本来面目，也使李斯等人蒙上了不白之冤。他们的理由是，当秦王读到韩非的文章后，认为“得见此人与之游，死不恨矣”时，向他推荐韩非的正是他的同门李斯，如果李斯有妒贤嫉能之心，又何必多此一举？另外，韩信被囚禁进而被杀，不是在秦王重用他时，而是在还未信用的情况下发生的，根据当时的情形，韩非并未对李斯构成任何威胁，根本谈不上什么嫉妒的。李斯在秦二世继位之后，甚至被投放监狱的时候，还多次引用“韩信子言”，劝二世实行韩信之术，这足以证明李斯对韩信是一支敬重的，故暗害之说无从谈起。
还一种意见认为：韩非之死固然与李斯、姚贾有关，但关键因素在于秦王的多疑。秦王为人“少思而虎狼心，”他对韩非学说的倾倒，并不能消除他对韩非的不信任。韩非使秦是韩国弱秦计划的一个重要步骤，他的到来是为存韩之目的，因而处处站在韩国的立场上考虑问题。秦王对他的到来疑虑很多，于是下了毒手。如果秦王没有杀韩的打算，李斯是不敢轻举妄动的。首先，韩王曾找韩非详细商量过去对付并削弱秦国的问题，正当秦国派兵攻打韩国的时候，韩王把韩非派来秦国，难免不引起秦王的怀疑。其次，《史记》虽然记载了韩非死后秦王很后悔，但是他既没有为韩非平反，也没有追究李斯、姚贾二人的诬陷罪，可以推测出当初杀韩非是出于秦王的本意。
也有人不同意这一观点，他们认为秦王政对韩非的著作一直赏识之至。为了得到韩非其人，可谓绞尽脑汁，甚至不惜调动千军万马发动战争，这才使韩国被迫交出韩非，秦王得到了自己想要的人才，他还不至于“叶公好龙”，当韩非真的来到他的身边时候，忽然心生猜忌，不仅不重用他，还将他置于死地。
第三种意见认为，韩非的死因与当时秦韩两国政治斗争有关，并非李斯的嫉妒陷害。韩非咎由自取，他秦王百计阻碍秦国的统一大业，具体表现为：第一，游说秦王进攻赵国。战国后期，秦国势力强盛，扩张势头很猛，韩国首当其冲，对此“韩王患之，与韩非谋弱秦。”韩国的“弱秦”计划，开始是派水工郑国到秦游说。抓住秦王好大喜功这一点，用兴修水利的计策来消耗秦之国力，但此事不久即败露，并且修建的“郑国渠”不仅没有“弱秦”，反而使秦更趋富强。在不得已的情况下，韩非亲自出使秦国。到达韩国后，立即抛出上秦王书，旨在破坏李斯的计划，企图把秦军引向赵国，从而达到“存韩”的目的。第二，破坏秦之君臣关系。这一点西汉刘向在《战国策？秦策》中有所提及：楚、燕、赵等国想联合起来对付秦国，秦王招大臣商议，姚贾自愿出使四国，姚贾的出使制止了四国的联合行动，回秦后得到重赏。然而韩非对此颇为不满，就到秦王面前说姚贾的坏话。开始时候攻击姚贾用秦国财宝贿赂四国君王，“以王之权，国之宜，外自交于诸侯”；接着对姚贾进行人身攻击，说他是“梁之大盗，赵之逐臣”，认为重赏这种人是不利于“厉群臣”的。秦王召姚贾质问，姚贾对答如流。坚持以财宝贿赂四君是为秦国利益考虑，如果是“自交”，又何必回秦国；对自己的出身他也毫不隐讳，并列举姜太公、管仲、百里奚等人为例，说明一个人的出身低贱和名声不好并不碍于效忠“明主”。他劝秦王不要听信谗言，于是秦王信任姚贾而杀了韩非，从这里看，韩非似乎咎由自取，妒忌别人而终害自己。
持相反意见的论者指出这一观点的缺陷。第一，《战国策》这部书相当庞杂，虽然经过刘向校录，但是仍然错误百出。而司马迁对于史料的鉴别相当认真和慎重，他在史记中采用了《史记》中采用了《战国策》的材料十几处，但是唯独没用《秦策》“四国合一”的内容，可见这一段的真实性值得怀疑。第二，韩非“为人口吃，不能说道”，在韩国时，他只是“数以书谏韩王”，为何到了秦国后能一反常态，在秦王政面前唇枪舌战起来？所以这种韩非之死咎由自取的观点不可靠。
还有几种观点比较有新意，但都属于一家之言，没有史学根据。一种观点认为韩非之死是与李斯争权夺利失败所致。这种观点认为人们总把韩非视为爱国者，为“存韩”而死，实际上并不然。韩非和李斯都是战国时代的纵横游说之士，换一种说法就是政客。韩非到泰国去是与李斯争权夺利，要说嫉妒之心两人都有，两人钩心斗角的结局则是李胜韩败罢了。另一种观点认为韩非之死是文人的性格所致。这种观点上升到了很高的理论高度，认为中国知识分子最大的毛病在于不忘政治，在文章中每一句话甚至每一个字都有政治上的微言大义。搞政治时与写文章混为一谈，只会引经据典做长篇大论或者上万言书，对现实中的人性、利害关系与权力结构一无所知。韩非在自己的文章中宣称按照某一标准或某种法令某人该杀某人该流放，其实只是书生意气，并没有针对具体的人。但是言者无意，听者有心，韩非这样说难免不会被某些人理解成为采取某些行动的先兆。而秦王作为一名政治家，他对韩非学说的倾倒，但并不能消除对韩非的不信任。他需要的是能实现他统治野心的工具，不能充当这种工具的人，不论学问多好，也没有存在的价值。所以韩非之死，为中国封建历史上文人从政的悲哀。第三点观点认为，韩非的死是由于没有遵守说客的道义。杨子《法言》中这么认为，韩非的死是因为“说不由道”。这里的“道”，有天道、礼义、仁德等含义。韩非游说秦王，他的指导思想是与“道”相背离的。作为说客，韩非知道说服他人服从自己的意愿是件很难办的事情，所以，他为了达到自己的目的便不择手段：为秦国谋划，不惜出卖、灭亡自己的祖国。最终，他背叛了作为说客的准则，导致了自己的人生悲剧，并为史家所不齿，司马光评论韩非之死时说：“我听说君子由亲近自己的亲人而亲近别人的亲人，由热爱自己的国家而热爱别人的国家，因此才功勋卓著，名声美好，从而享有百福；如今韩非为秦国献策，首先要以灭亡他的祖国来证明他的主张，犯下此类罪过，本来死有余辜，哪里还值得怜悯啊！”
总之，对于韩非之死，历来争议颇大。或许，真实的历史总是被隐藏在各种各样被裁减过的文字里，也许我们永远都无法知道真相。韩非之死，也就成为千古悬案。
徐福东渡之谜
徐福东渡一事，最早出现于司马迁的《史记》。据《史记？秦始皇本纪