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《新唯识论》语体文本不仅仅是文言文本的改写，实际上已逐渐脱离了原有的佛学袈裟，完全是一独立的博大精深的哲学体系。如果依据文言文本尚可把熊氏看成“新佛家”学者的话，那么，以语体文本为界，则应当视其为“新儒家”学者。此书与稍后出版的《十力语要》、《十力语要初续》等书一起，构成了熊十力新儒家哲学思想的主要内容。
熊十力主要的哲学观点是：体用不二、心物不二、能质不二、天人不二。他所谓“体”是“心体”、“性体”，即人的生命存在的本体、宇宙万物之本根及其生生不息的源头活水，在一定意义上也是道德的本体和道德的主体。所谓“体用不二”，也就是肯定生命的意义和人生的价值，是为了在物欲横流的世界重新寻找“人生本质”和“宇宙本体”。熊氏认为，吾人与天地万物所同具的仁心本体，内蕴着极大的力量，可以创造出、生化出整个人文世界。他高扬了仁心本体刚健、创生的特质，实际上是以积极的人生态度、生命意识和人本精神去面对世界，创造世界，同时又主张不被人们创造出来的物质世界和人文建制所异化、所遮蔽，以致忘却、沦丧了人之所以为人的根基。
1956年，熊十力完成了《原儒》一书的下卷，并将上下卷同时印刷出版。全书共33万余字，重点发掘了儒学中有价值的部分，并按照自己的理解，以“六经注我”的精神，重新阐释了儒学经典和儒学史。这一巨著是熊十力作为新儒家学者的又一重要成果，继此书之后，熊十力又以超凡的毅力和速度完成了《体用论》、《明心篇》、《乾坤衍》等著作的撰写。
《体用论》集中表达了熊十力的哲学创见，特别是“体用不二”的学说。熊先生说：“此书之作，专以解决宇宙论中之体用问题。”“本论以体用不二立宗。本原现象不许离而为二，真实变异不许离而为二，绝对相对不许离而为二，心物不许离而为二，质力不许离而为二，天人不许离而为二。种种原理，皆禀《大易》之辩证法。”
在晚年出版的《体用论》一书的《赘语》中，熊十力明确指出：“《新论》（指《新唯识论》）两本（指语体文本和文言文本）俱毁弃，无保存之必要”。这话，他也成书之后多次对友人提及。
熊十力的《明心篇》是熊十力晚年最重要的一部著作。本书主要讨论心性论与认识论问题，发挥生命体验的形上睿智，对本心与习心、科学与哲学、科学的心理学与哲学的心理学、精神与物质、知识与道德、价值理性与工具理性之关系都有深入的探讨。书末附录《书札六通及体用论佛法上下两章补记》一文，均系《体用论》出版之后的答疑之作。
熊十力的“体用不二”之论，成为整个当代新儒学思潮“重立大本、重开大用”和“保内圣，开新外王”的滥觞，亦成为这一思潮的基本思想间架。
综观熊十力哲学，大致经历了由融儒入佛到儒佛同参，再到融佛入儒、归宗儒学的演进历程。其一生为学，融贯中西，平章华梵，摒弃陈说，绝少依傍。其哲学思想虽有不少局限，但他以其广阔的文化视野，独具的哲人慧思，提出并力求解决的人生问题与文化问题，诸如人的终极关切、人与自然的关系、人的困惑和疏离等，仍是人类现在乃至以后所面临而必须解决的问题，而他凭着对生命存在的独特体验，所作出的对人的内在的道德自觉、价值自觉、文化自觉的阐扬，又为人类开创了一条探寻价值的新路，而具有普遍的世界意义。
【灼见】
熊十力说：知识之败，慕虚名而不务潜修也；品节之败，慕虚荣而不甘枯淡也。
熊十力1901年投身革命，与宋教仁、黄兴、胡瑛等人多有来往。曾有党人认为武汉不适合发动革命，他驳斥道：“武昌者长江之上游，南北之枢纽，天下安危之所系也，兼有张彪等庸才为官帅，若能暗中策反军队，不数年大事可成。”此说后来果被验证了。
1949年4月10日，徐复观即将南走之季，接到老师熊十力的加急长书。老师在信中极力劝阻他不要去台湾，在这封长信里，熊十力语重心长地向自己的爱徒讲述不能去台湾的理由，条分缕析地把为何不能去台湾的种种原因剖析得淋漓尽致，比如国军已是全无斗志，美国人的援助绝对是靠不住的，国民党小朝廷仍旧不思进取……作为老师的熊十力是尽自己最大努力，一片苦心的将台湾保不住的各种理由一一罗列，规劝学生别走上他老人家认为是不归的歧路。
1949年5月7日，唐致中与其兄君毅去番禹化龙乡黄氏观海楼去看望熊十力先生时，熊给唐致中题辞：“虽有慧根，弗裕之以学，其慧未能宏也。虽有特操，弗裕之以学，其操不离僻也。”
1950年春，熊十力接到党内老友的邀请，如约北上。甫一抵京，政务院秘书长齐燕铭便专程到车站迎接。如此规格，让老书生甚感兴奋。他与人谈起一路观感，顺口冒出“林彪心术不正，怕不得善终”，此语一出，吓人一跳，赶紧劝他不要再乱讲。
中国共产党建政初期，统战工作者问道于熊十力，熊说：“存在的问题就是学习苏联，事苏联如祖，事斯大林如父，而对中华民族几千年的优秀传统文化避而不提，真是数典忘祖！”他坚持不肯“改造”自己，数次给毛泽东写信，要求建立哲学研究所，允许旧学传播。
熊十力：“中国学人有一致不良的习惯，对于学术，根本没有抉择一己所愿学的东西。因之，于其所学，无有甘受世间冷落寂寞而沛然自足不顾天不顾地而埋头苦干的精神于中的生趣，如此，而欲其学术有所创辟，此比孟子所谓缘木求鱼及挟泰山以超北海之类，殆尤难之又难。吾国学人，总好追逐风气，一时之所尚，则群起而趋其途，如海上逐臭之夫，莫名所以。曾无一刹那，风气或变，而逐臭者复如故。此等逐臭之习，有两大病。一、各人无牢固与永久不改之业，遇事无从深入，徒养成浮动性。二、大家共趋于世所矜尚之一途，则其余千途万途，一切废弃，无人过问。此两大病，都是中国学人死症……”
熊十力在无限孤独的暮年哀叹：人生七十，孑然一老，小楼面壁，忽逢十祀。绝无向学之青年，后顾茫茫……即令如此，这位中国现代新儒学最富原创性的奠基人，仍然寄望于未来：吾国人今日所急需者，思想独立，学术独立，精神独立，……游乎广天博地之间，将为世界文化开出新生命。
【幻灭】
台湾学者林继平《我的治学心路历程》中记述，国民党从大陆撤退时，熊十力秘密乘火车来到广州，准备转去香港或台湾，毛泽东得知消息后，立即电告四野林彪司令员在广州拦截。林彪与熊十力是湖北黄冈的同乡，尊称他为熊老师。熊十力无可奈何，只得随林彪回到武汉。林彪还召开欢迎大会，欢迎这位湖北耆宿荣归故里。会后，即护送熊回到北京。
五十年代初，熊十力在北京四年多的生活是安定的，但也是孤寂的。他虽然受到礼遇，但内心深处却充满着惆怅。他关于复兴中国文化、重振古代儒学的主张被凉在一边；而自己的哲学，理会者更加稀少；昔目的友朋门生故旧聚首日渐稀罕。在北京先还有些学生来谈谈，后来就没有什么人上门了，有的连信都没有一封了。有的人过去对他执弟子札，但是到某种运动一来，竟说，我不知道熊有什么学问。
五十年代，陈毅去看望熊十力，他竟伤心地嚎啕大哭。陈毅问：“您老为何这么伤心？”答道：“我的学问没有人传呀！”熊十力晚年居上海时，愈加难耐寂寞，曾对人说：“现在鬼都没有上门的了。”陈毅深受震动，后来有一次在给上海高校的教师作报告时，他建议大家多向熊十力请教，“近在眼前的贤师，你们就去拜门，有人批评，就说是陈毅叫你们去的！佛学是世界哲学里的组成部分，一定要学。共产党讲辩证法，事物都要了解其正反面，不懂唯心论，又怎能精通唯物论呢？”
冯友兰在《怀念熊十力先生》一文中写道：“熊先生在世时，他的哲学思想不甚为世人所了解，晚年生活尤为不快。但在50年代他还能发表几部稿子。在他送我的书中，有一部的扉页上写道：‘如不要时，烦交一可靠之图书馆。’由今思之，何其言之悲耶！”
晚年，熊十力由上海市委统战部“领导”，因此，他经常要向统战部领导“汇报”一下自己的近况，遇有“运动”，也难免表一下态。如1957年6月，他写信给统战部，信中有“今天见报载，章伯钧自认造谣反党，真可耻可恨。”1959年2月信中有“昨年大跃进，中外欢腾。今岁更当一日千里。”但更多的是生活方面的要求，如住房问题、吃饭问题等等。1960年11月，他致信统战部，要求吃粗面包，“上月承惠两次饼干，是上好的东西，而此物吃时总不觉得饱，所以愿吃粗面包。”1960年12月，熊突然便血，便写信给统战部，“谨请予我一个宰好了的肥的母鸭子，看可救此症否？”并说“素承厚意怜念老人，故敢常扰。”统战部12月5日向上级请示：“拟同意送母鸭一只，请核。”领导批曰“同意”，于是，12月9日，熊十力得到了自己的一只肥母鸭。
在生命的最后几个年头，熊十力哀叹道：“人生七十，孑然一老，小楼面壁，忽逢十祀。绝无向学之青年，亦鲜有客至。衰年之苦，莫大于孤。五年以来，余犹积义以自富，积健以自强，不必有孤独感也。大病以来，年日衰，病日杂，余兴尽矣。”
1963年，熊十力七十九岁，元旦开始动笔起草《存斋随笔》。
1964年12月，熊十力赴京出席四届政协一次会议并列席人大三届一次会议。其间，陈毅曾来看他，并对在场的熊氏后人说，你爸爸是书呆子，让他写，把他的学术思想都写出来。郭沫若也来看望熊先生，谈到《存斋随笔》印行的种种困难。郭沫若也有苦衷，不便宜说。熊十力知此书印行已无望，说如果印若干本留存也不行，请退稿。1965年初，熊十力收到退稿后，请封用拙（熊的文书）再钞一份留存。
老友韦卓民上海看望熊十力，一见面熊就号陶大哭，使韦深觉不安。
1965年夏，弟子习傅裕去看望老师熊十力时发现，熊先生明显地衰老了，目光不再如以前那般如炬，谈吐不再像以前那般滔滔，情绪也不再像以前那么激昂了。他一人独坐屋中，身穿褐色长衫，扣子全无，只用一麻绳作腰带，状若老僧。屋内墙上挂着三个大字书写的君师帖，从墙头一直贴到天花板，孔子居中，左右是两位王先生：王船山和王阳明。
王元化在《熊十力二三事》回忆说：“我曾向他请教佛学，这时他已由佛入儒。在他起居室内，有三幅大字书写的君师帖。一居中，从墙头直贴到天花板上，上书孔子之位。一在右，从墙头往下贴，上书阳明先生。一在左，也从墙头往下贴，上书船山先生。他听我要学佛学后说：‘你学佛学做什么？现在没有人学这个了。’”
文革一开始，熊十力对红卫兵上街“破四旧”，随意闯入别人家中抄家，到庙宇教堂砸神像烧经书，十分反感，曾上书毛泽东表示反对。他给中共领导人写信，但是信去如石沉大海，没有回音。
文革中，熊十力被抄家，造反派冲进各个房间，将熊十力多年来珍藏的古代书籍、经卷、字画、手稿等等，或撕毁或焚烧。熊十力视书如命，上前想从火堆中抢出一些古籍孤本，被人推倒在地。
北京一○一中学红卫兵追寻到上海青云路，审问熊十力，问他知不知道刘少奇当年在庐山白鹿书院时有甚么反动活动等等。熊十力一律回答“不知”二字，因被视为态度顽固又受批斗。
文革期间，熊十力对“左”的一套极为反感，却又无可奈何。他晚年为自己订有“三戒”：不出门、不会客、不写信，衰年求静，聊以卒岁。在万般悲苦中，他曾作一联寄友人：“衰年心事如雪窖，姜斋千载是同参。”
后来，由于抄家、批判等变故，熊十力精神有些错乱，不断给中央领导写信，还经常写很多纸条贴在裤子上、衣帽上、门窗上，连裤袜之上，都写着对“文革”的抗议。为此他常常在街上遭人围攻，他却依然我行我素。
1966年夏，当熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文时，伤感至极。他不断地给中央领导人写信，硬让家人