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《新建设》在发表马寅初的文章时据此加了按语，说：“他的这篇文章和其他许多文章，资产阶级谬论很多，必须进行讨论和批判。”之后，马寅初的申辩权被剥夺。1960年1月3日，马寅初被迫提出辞去北京大学校长职务的口头辞呈，翌日，递交了书面辞职报告，不久，国务院批准了他的辞职。很快他又被罢免了全国人大常委的职务。从此，中国人口盲目增加，多生了几亿人。人们常说：“错批一人，误增三亿！”
后来毛泽东看了马寅初《重述我的请求》，向秘书口授道：“马寅初向我们下战表，堪称孤胆英雄，独树一帜，也可以说是茅坑里的石头，又臭又硬。马尔萨斯姓马，他也姓马，有人要捍卫他的外国祖先到底，有什么办法？看来，马寅初不愿自己下马，我们只好采取组织措施，请他下马了。理论批判从严，生活给予出路，此事不可手软。”这以后对他的批判就升级为政治斗争和人身攻击了。一夜之间，上万张大字报贴满了北大校园，甚至连他家的院子里、书房里及卧室里，都贴满了大字报。“马寅初不投降，就叫他灭亡！”的口号声在北大校园内此起彼伏。
不久，马寅初又被免去全国人大常委的职务。还规定马寅初不得发表文章，不得公开发表讲话，不得接受新闻记者访问，不得会见外国人士和海外亲友，以戴罪之身，遭到软禁。至此，近8年的人口论争划上了句号。
马寅初辞去了北京大学校长的职务，离开了燕南园，住进了东总布胡同。世态炎凉，门可罗雀。但也不尽然，周培源、陈叔通都曾看望过马寅初。陈毅元帅不请自来，用他那宏钟般的声音对马寅初说：“你的人口理论完全正确，一定要坚持，不检讨是对的，我支持你！”
在批判马寅初的同时，科学规律毫不留情地惩罚着愚昧。中国的人口年年月月分分秒秒地猛增着，给国计民生带来极大的压力，而且难于短期克服。1974年12月29日毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：人口非控制不行。这句话，竟与十七年前马寅初《新人口论》中的三个小标题完全一致！
十年动乱发生时，周恩来指示对马寅初进行特殊保护，使他在身体上没有受到伤害。可是，他的大量珍贵的文稿连同书画等文物，都被当时是学生的马老的孙辈作为“四旧”烧毁了。
【执著】
马寅初常对人说：“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”
马寅初因人口理论受到批判，北大开大会批他，会议开始了很久，而马寅初的人还没到。于是派人把他“请”了过来，他到场之后，搬了张椅子坐在台前泰然自若。此时，台下有人开始喊口号，马寅初却很镇静地说：“我这个人每天洗冷水澡，不管多冷的天都不怕。现在天气不冷，给我洗热水澡，我就更不在乎了。”
1958年，在一次全校的批判大会上，马寅初高声大喊：“我没有再课堂里上课，但我要用自己的文章来教育北大学生坚持真理。”后来，马寅初又在一篇文章中写道：“我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以行动来教育学生，我总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在世纪工作中要知难而进，不要一遇困难便低头。”
1958年4月陈伯达突然袭击马寅初，在北大的庆典上公开要求“马寅初要对他的《新人口论》作检讨！”发表在各大报刊杂志上的攻击文章像雪片一样，北大校园内批判马寅初的大字报竟达近万张。马寅初先生，表现出毫不畏惧的浩然正气。他拒不作任何无原则的检讨，与责难者公开辩论，面对那些借政治打压学术的投机分子，他说“泼冷水是不好的，但对我倒是很有好处。我最不怕的是冷水，因为我洗惯了冷水澡，已经洗了五十年了，天天洗，夜夜洗，一天洗两次，冬夏不论，对我泼冷水，我最欢迎。”同年7月，陈夫子（陈伯达）败下阵来后，“理论权威”、“整人高手”康老夫子（康生）亲自破挂上阵，在北大的批判大会上，他指责马寅初“是马尔萨斯的马”。马寅初毫不示弱，当众反击道：“我是马克思的马！谁说我是马尔萨斯主义，我就认他为教条主义者，反列宁主义者”。一时间会场哗然。
1958年5月4日，北京大学举办60周年校庆，陈伯达出席并做纪念讲话。陈伯达冲着坐在主席台上的马寅初，厉声说：“马寅初要对他的《新人口论》作出检讨！”马寅初听此言，微微仰着脸，望着陈伯达的头顶，一言不发，视若无物。
1959夏天，马寅初随人大视察团赴外地视察回到北京。周恩来代表毛泽东、党中央找他谈话。因为马寅初不服输，认准了理，谈话自然是谈不拢。最后，周恩来近乎用一种哀求的口吻说：“马老啊，你比我年长16岁，你的道德学问，我是一向尊为师长的。1938年你我在重庆相识，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有几个20年呢。这次，你就应我一个请求，写一份深刻的检讨，检讨了，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关，如何？”但马寅初对周恩来说：“吾爱吾友，吾更爱真理。为了国家和真理，应该检讨的不是我马寅初！”
面对批判的声浪，马寅初再次发表声明：“我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服、不以理说服的那种批判者所投降！因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严，不能不维护。”
1959年12月到1960年1月，北大批判马寅初之风尘嚣上。面对此局面，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。学术问题贵在争辩，越辩越明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念头。相反，应知难而进，决不应向困难低头。我认为在研究工作中事前要有准备，没有把握，不要乱写文章。既写之后，要勇于更正错误，但要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的性命，有所不利，亦应担当一切后果。”他还在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”
当年，北大所有的刊物和全国各地的报纸猛烈批判《新人口论》，马寅初却拒不检讨，坚决不写检讨文章，照常笑眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。所以董桥曾撰文，让今人“学学马寅初的硬朗”。这种“硬朗”，自在北大学生的回忆中：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”
马寅初被迫辞去北大校长后，他说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”
【真理】
1979年7月中旬的一个上午，往日静悄悄地北京东总布胡同32号宅院顿时热闹了起来：中共中央统战部副部长李贵来到这里，拜访了98岁的著名经济学家马寅初先生。会见是在马老的卧室进行的。马老坐在单人沙发上，在座的还有他的夫人和儿女。李贵副部长说：“今天我受党的委托通知马老：1958年以前和1959年底以后这两次对您的批判是错误的。实践证明，您的节制生育的新人口论是正确的，组织上要为你彻底平反，恢复名誉。希望马老能精神愉快地度过晚年，还希望马老健康长寿。”马老兴奋愉快地回答说：“我很高兴。”“20多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”20多年的是非终于澄清，冤案终于平反。实践宣布了公允的裁判：真理在他一边。
1979年，面对中国人口的沉重压力，人们想到了早在20年前提出“新人口论”的马寅初，《光明日报》率先为马寅初恢复名誉。1979年8月5日，《光明日报》发表了《为马寅初先生的新人口论翻案》一文。正文前面加了大段的《编者按》，对《光明日报》当年错误批判马寅初先生一事作了深刻检查。马寅初对此感慨地说：“当年我曾说过《光明日报》不光明，《光明日报》发动那场突然袭击不光明磊落，今天《光明日报》带头呼吁为我和《新人口论》平反，把颠倒过去的理论再扳正过来，我还是很感激你们的。希望你们向广大读者转达我的谢意。”
【农书】
马寅初辞去北大校长之职后，下决心要写出一部分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》的农业大书。他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”1962年，马寅初还借到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究，带回很多第一手材料。
据知情者介绍，马寅初写这部《农书》还真有些别样。他写文章与一般人不同，不是用钢笔写在稿纸上，而是用墨笔写在一张张白色的宣纸上，每写完一章，马寅初便把宣纸铺在地板上，等晾干后，又认真地将宣纸按顺序粘接起来，卷成一个纸卷，注明内容，放入一个藤箱里。写累的时候，马寅初便会沿着院中的水泥小径散步。
不知不觉，藤箱已满。从1963年开始写稿到1965年初稿完成，三年光阴，马寅初写出了100多万字。写完后，他又从头到尾作了一次修改，一般情况用蓝笔，特别重要的改动用红笔。为了防止手稿受潮和被虫蛀，马寅初特别嘱咐家人将放书稿的藤箱放在干燥通风的地方。写完《农书》后，马寅初已83岁，身体状况大不如前。
有一次，他以前的秘书陈玉龙前去看他。一进屋，见地上铺满了稿纸，马寅初正在看他的《农书》。见陈玉龙进来，他说：“他们不给我发表，我自己看！”言语中不免有种愤怒。
前来看望马寅初的亲朋好友婉言相劝：“马老，你还写那些招灾惹祸的东西干什么？这么大年纪了，好好养养精神吧！”马寅初回答说：“正因为我年岁大了，我才更应该把我彻悟了的真理，及时地记录下来，警告世人，不然就会烂在肚子内、带到棺材里去，那才是真正可惜呀！”
年复一年，月复一月，日复一日，多少个日日夜夜就这样悄然而过。马寅初的《农书》“长卷”已经成捆成堆了，大大小小的纸卷堆满了书柜。据说，这部《农书》初稿有百万字之巨（一说150万）。到1965年底，83岁的马寅初已经对《农书》从头到尾作了一次修改。素以治学严谨闻名的马寅初，在修改稿子的时候，仍然一丝不苟；修改文字一般用蓝笔，特别重要的改动则用红笔。
1966年春节后的一天，马寅初将全家人召集起来，说：“请你们抽时间帮我把《农书》原稿照抄一遍。这部书现在虽然不能出版，但不等于永远不能出版。它是我十几年的心血啊！”
然而，这时“文化大革命”爆发。虽然由于受到特殊的保护，马宅免于抄家之祸。但是，大“革”文化之“命”的憾事，却在家庭内部发生了。马寅初家中几个年幼无知的孩子，因担心抄家者会从马寅初的手稿中搜寻出批斗马寅初的把柄，于是乎在半是胆怯、半是盲从的情绪支配下，将马寅初珍藏多年的来往书信、文物字画，连同这部《农书》手稿以及其他经济学资料，统统当作“四旧”而付之一炬，销毁得一干二净。也有人认为是家人根据马寅初的意见将书稿焚烧殆尽的。
马寅初当初在撰写《农书》时，往往写下后便放起来，并没有跟家人细谈，以至于无人知道《农书》中详细的内容，给世人留下了永远的遗憾。
【公案】
鲁迅与马寅出是绍兴同乡，但这两人关系交恶。不知何缘由，鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初很少好感。1926年秋，厦门大学一次请来了马寅初，为此，全校“列队欢迎，大摆宴席”。因马寅初是“北大人”，校长还发函叫“北大同人”鲁迅及沈兼士去陪。鲁迅收到公函后，除了非常愤怒与拒绝外，没有其他反应，只在公函上写了个“知”字，意为“不去可知矣”，并说：“道不同不相与谋。”
《关于鲁迅的辩护词》的作者房向东分析，厦大校长林文庆之所以对马寅初那么殷勤，主要是学校资金缺乏，希望能从马寅初这位财神爷身上捞一点油水。而