联邦调查局与美国许多家小型报纸和周刊有秘密联系，那上面经常发表表扬联邦调查局的大作，有时也登载一些故事和文章批评胡佛想攻击的对象，中央情报局就在其中占很大分量。胡佛非常乐于把一些罪名推到他的死对头身上。
胡佛在晚年时期开始禁止联邦调查局使用“非法手段”调查，结果很快就遭到其他情报机构，尤其是中央情报局的抗议。联邦调查局本来就很少向其他部门提供情报，现在更是根本不提供了。这严重地损害了中央情报局的工作。因为在国内，它没有合法权利和特许状从事任何调查，必须需要联邦调查局的协助。
有一次，有两个已被察觉的苏联间谍在美国活动，中央情报局要求联邦调查局监视这两个人并窃听他们的电话。但是胡佛拒绝了，并且吼了起来：“我们又不是为中央情报局服务的！”他对手下的人说：“告诉他们，如果他们想监视这两个人，他可以自己干。”
而胡佛得到的回复是：“我不打算命令我的人在纽约城里搞监视活动。我们无权干这种事。所以，你们要是不搞，那就干不成了。”
中央情报局的人非常清楚，如果他们下令在纽约搞监视活动，胡佛会立刻告诉新闻界，他最乐意给别人设置这种圈套了。
胡佛不止和中央情报局一家闹矛盾。几乎华盛顿所有情报机构的主要领导人都和他吵过架。美国设有全国情报委员会，中央情报局局长任主席，负责协调全国13个军队和政府部门的主要情报机构，包括联邦调查局。但是“协调”只是一个虚名，他没有实际权力命令和调动联邦调查局。而胡佛在很多时候总不愿意与大家合作，他总认为自己是正确的，领导权不容干涉。
有一次，情报委员会主席赫尔姆斯要求各个机构成员把自己部门的印章牌带去，并且全都做成直径为12英寸的圆形，这样就可以把它们并排挂在会议室的墙上。萨利文作为联邦调查局的代表，负责这项工作。一个星期以后，在去情报委员会开会之前，他去局总部取印章牌。包装印章牌的硬纸盒的尺寸太大，他觉得有点不对劲，想要检查一下是否有差错。但是工作人员说这是经胡佛局长本人同意的印章牌，他只好用手拎着这个大包装盒上了汽车。来到会议室打开纸盒一看，他最担心的事情发生了：联邦调查局的印章牌直径足足有3英尺，几乎比其他机构的印章牌大三倍。挂在那里特别突兀。他感到十分难堪，却无可奈何。委员会的成员开始开玩笑，他们建议萨利文征得胡佛的同意，做一个比这块再大一倍的联邦调查局牌子，把它单独挂在会议室的一面墙上，把所有其他部门的牌子挂在对面墙上，这样一定会更对称。并且，大家一致认为，胡佛一定会同意这样做的。
中央情报局对胡佛也不客气。有一次中央情报局派一个特工在国内搞秘密行动，被联邦调查局逮住了。这牵涉一个很重要的案件，中央情报局要求胡佛网开一面，予以配合。结果自负的胡佛很干脆地拒绝了。这回胡佛彻底把中央情报局惹火了。于是他们派了一个人去面见胡佛，递给他一大叠照片，都是关于他搞同性恋的。胡佛当场气得“暴跳如雷”，“把照片扔得满地都是”，并“指着门咆哮着让他滚出去”。不过事情倒是解决了，那个特工很快就没事了。
胡佛在1972年去世，他在任时的每一个中央情报局局长几乎都和他吵过、斗过。但是，虽然双方一直看对方不顺眼，两个机构之间的基本合作还是一直保持着。即使在胡佛最厌恶中央情报局的那段时间，他的手下还是和中央情报局背着他开展了不少合作。
有一次，在一个至关重要的国家安全案件上，联邦调查局需要付给一个告密者大笔金额，但是胡佛削减了这一款项。赫尔姆斯知道了这件事情，于是从中央情报局经费中给了联邦调查局9000美元，双方合作，获得了急需的极其重要的情报。
胡佛去世之后，中央情报局和联邦调查局之间的情况有所改善，但竞争与矛盾在所难免。例如，在谁有资格审理苏联克格勃叛逃者的问题上，双方一直争论不休，即使有时能经过协调达成妥协，也各自把从叛逃者那里知道的情况瞒着不告诉对方。
1987年，前联邦调查局局长威廉姆·H·韦伯斯特被任命为中央情报局局长，他受到非常冷淡的欢迎，甚至是怀疑和敌视。所有人都怀疑总统做出这决定是不是疯了。不过韦伯斯特的作为逐渐赢得了中央情报局工作人员的认同。由于他的特殊身份，中央情报局和联邦调查局的合作大大加强，关系有了不错的进展。
作为美国最主要的两个情报机构，相似的工作性质、看似明确实则紧密相关的任务分工，部门利益的竞争，以及在具体意见上的分歧，都使中央情报局和联邦调查局天生就是竞争对手，这种矛盾几乎无法调和。双方一直保持着这种既合作又提防的关系，明争暗斗不见减少。
“9·11”恐怖袭击事件之后，反恐形势的需要要求中央情报局和联邦调查局更加紧密的通力合作，减少彼此的隔阂和争斗，共同解决美国面对的威胁。
于是，由参、众两院组成的调查委员会对美国情报系统改革提出了许多建议，以加强情报处理能力。一再强调反恐和美国安全的布什总统签署指令，对中央情报局和联邦调查局进行改革。
布什总统签署这一指令，命令要求中央情报局在秘密部门（负责招收外国间谍和从事海外间谍活动）增加50％的情报分析员和官员。
布什总统强调中央情报局的情报分析应该考虑并提供“不同观点”给决策者，而不是让工作人员为了支持总统的政策而编造情报。
指令还要求联邦调查局充分调拨“资源和使用权限”组成包括特工、分析员、语言学者和侦察专家在内的“情报队伍”。布什指出该指令的目的在于“进一步增强联邦调查局在防止和预先瓦解对美国进行恐怖威胁和袭击的能力”。
布什还要求部门之间讨论国防部是否应该采取秘密的准军事措施，而以前这是由中央情报局进行的。这一建议也是由“9·11”调查委员会提出的。中央情报局和国务院、国防部以及司法部将向布什总统汇报。
可以预见，在未来很长一段时间内，面对共同的反恐需要，中央情报局和联邦调查局会在很大程度上携手对付、完成目标。但也可以肯定的是，长期以来形成的部门之间的权力争斗和利益冲突，也不可避免地使这两大美国最著名的间谍机构产生矛盾和冲突，就像寒冬里的刺猬一样，即不能离开对方，也不可能走得太近。
5联邦调查局特工轶文
联邦调查局的特工往往给人的印象是古怪刻板、冷酷无情。其实，他们也都是有血有肉的凡人，也有正常人的思维与想法。于是，便也产生了许多令人啼笑皆非的事情：有的特工与自己要监视的对象发展私交，甚至有的成了情人；也有些特工管不好自己的线人。
前联邦调查局特工约翰·肯尼龙就是一个很好的例子。他由于包庇自己的线人，被判10年监禁。
早在1983年，肯尼龙在联邦调查局训练录像中曾警告那些新来的特工不要与匪徒过于接近。“你可以与他们交朋友，你可以喜欢他们，但是你永远不能忘记你是联邦特工，是为联邦调查局工作。”
而肯尼龙自己就是因为和线人关系过于亲密，以致丧失了原则。1975年，肯尼龙雇佣了黑帮头目詹姆士·博格做自己的线人。他们是儿时的朋友。他们之间的雇佣关系持续了20多年，变得极度腐化。肯尼龙保护博格，帮助他免于调查。作为报答，博格向肯尼龙提供自己对头的情报。肯尼龙成为联邦调查局的明星，而博格和他的同伙们也逍遥法外，尽管他们贩毒、开赌局、谋杀，但肯尼龙总是包庇和纵容他们干这些坏事。肯尼龙还为博格向联邦调查局的监察官行贿。博格至今还在联邦调查局通缉名单的前10位。
马克·普特曼也是一个没有处理好和线人关系的特工。13年前，他成为第一个被控告谋杀的联邦调查局特工。普特曼已婚，是两个孩子的父亲，被看作是联邦调查局升起的新星。但一切从他与苏珊·丹尼斯·史密斯约会而结束，苏珊是肯塔基州银行抢劫案的线人。
1993年普特曼在监狱接受采访时说：“一天晚上我和苏珊在车里，我们聊天，我们之间产生了感情。”“我清楚地意识到我已经背离了自己的工作原则，因为我违反了FBI特工与线人关系的第一条纪律：不要与线人上床。”28岁的史密斯怀孕了。1989年6月，普特曼扼死她并抛尸灭迹。普特曼说杀死史密斯是因为担心她会暴露他们之间的关系。他被定刑为过失杀人罪，被判刑16年。
这样骇人听闻的事件不多见，因为联邦调查局有很多措施防止特工与线人的关系过于亲密，联邦调查局规定：同僚要互相督促和严格监察。联邦调查局每3个月要核查一次线人的档案。外勤部门每18个月做一次内部监察，监察对象包括线人。每3年FBI官员要接受一次总部的审查，他们的所有线人都在审查范围之内。像上述事例中的人物这样，因为管不好线人而惹来麻烦的特工有很多。
提供犯罪活动情报的人被称为线人或者眼线。与线人打交道是危险的。线人有时会误导联系人，有时甚至会另谋其主。“你抓住这条线，就和提着条毒蛇一样；”来自洛杉矶的特工史蒂夫·摩尔说，“必须小心翼翼，牢牢握紧。还要清楚什么时候可以松开手。”但是现实中这种分寸很难把握，特工与线人之间常常发生问题。
线人和特工之间出现问题，最主要的原因是相互间的关系没处理好。和线人的关系是双刃剑，特工必须亲近线人，但又得保持戒心。很多时候线人提供情报都是基于与某个特工的个人关系和对特工的信任。有些线人把特工看作是朋友，甚至是家人。
特工和线人各有所需，都努力取得对方的信任，让对方解除防备。里克·史密斯是一名退休的反间谍特工，他说对任何提供外国政府情报的人都需要审慎。“你必须得知道他们为什么会向你提供情报，反间谍活动的根本就是你雇佣一个背叛自己国家的人成为间谍。所以你需要知道他们为什么这么做。”
“你必须谨记这是一种商业关系。”前联邦调查局监察部副部长比尔·戈尔说。“然而从另一个方面说，如果你有一个好线人，你们之间很容易产生友谊。如果你的线人很有价值，很难不产生更亲近的关系。”
联邦调查局控制特工和线人的这些措施看似完善，但由于线人与特工之间特有的秘密关系，监督措施很多情况下没有起到防患于未然的作用。特工和线人的关系如何处理才不出问题，是联邦调查局和所有情报机构需要长期深入研究的难题。
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