原来，毛泽东是依照“反‘左’必出右”的这一“必然”规律，展开了反右倾。
首当其冲的是“主帅”彭德怀，因为彭德怀在7月14日写了一封三千来字的信给毛泽东，指出“在1958年的大跃进中……一些左的倾向有了相当程度的发展”。
其次则是张闻天，被称之为“副帅”，因为他那三小时的发言尖锐地批“左”。
此外，还有黄克诚、周小舟，也被列入“反党集团”。
毛泽东的几位秘书，此时也处境艰难：
李锐积极批“左”。毛泽东说，“李锐这次也是右派”。于是，在劫难逃了。
陈伯达曾称赞过彭德怀的信，此时马上“反戈一击”，算是滑了过去。
田家英处境危险。他曾尖锐地批评了毛泽东的“左”的言行，差一点被划入“右派”。
胡乔木呢？也颇为不妙。且不说他负责起草的《议定记录》已经遭到非难，连他在上山途中说过的“五八年大跃进出了轨，翻了车”也被人揭发出来。所幸揭发者说此话是李锐讲的（其实是李锐转述过胡乔木的话），而李锐不愿牵连胡乔木，自己承当了！
胡乔木得以过“关”，还在于毛泽东平日对胡乔木的印象还不错。李锐曾如此回忆：
“有天刘澜波告诉我，柯庆施向他说，主席跟柯谈到对乔木的观感，说乔木跟他一二十年，总还是一介书生。
“这使我想起1958年4月广州会议时，主席谈到要善于听不同意见和反面意见时说的话：我们身边有个胡乔木，最能顶人，有时把你顶到墙上，顶得要死。”
毛泽东对胡乔木“一介书生”的评价，大体上是颇为准确的。胡乔木一直难改浓厚的书生意气。
至于最能顶人，表明他也并非一贯唯唯诺诺，一旦发表不同意见，够尖锐的。
好在毛泽东对胡乔木毕竟还是很信任的，而胡乔木平素也小心谨慎，“顶人”并不多。
会议“反右倾”，日渐进入高潮。内中，特别是揭发了彭德怀、张闻天、李锐等所说毛泽东像“斯大林晚年”，一下子掀起批判高潮。8月10日下午，胡乔木抓住这一“谬论”，发挥了他的写社论的擅长，富有逻辑地从六个方面进行批驳，指出毛泽东与斯大林晚年的不同：李锐，《庐山会议实录》，春秋出版社、湖南教育出版社1989年版。
一、斯大林晚年严重脱离群众、脱离实际。毛主席在哪一点脱离群众、脱离实际？群众路线的工作方法，不是毛主席创造的又是谁创造的？如果不密切联系、彻底依靠、放手发动群众，怎么会出现去年的大跃进、公社化运动？
二、斯大林晚年在党内是不讲民主的或者很少讲民主的，连中央全会都不召开。而我们却不但经常开全会，而且经常开扩大的全会，这次会议也就是一次。很多文件都是省、市委书记起草的，很多意见都是大家议出来的。毛主席十分重视党内民主、尊重同志们的意见，怎么能说和斯大林晚年相同？
三、斯大林晚年提倡个人迷信，毛主席在这个方面也同他相反。七届二中全会就作出决定，不许祝寿，不许以人名命地名。中央曾根据毛主席的意见通知，他的塑像除了作为美术家的作品可以在美术馆陈列外，一律不许在公共场所陈列。
四、斯大林在肃反问题上犯了严重的错误，他常把党内矛盾、人民内部矛盾同敌我矛盾混淆起来，以至在苏###内有许多中央委员、高级将领等被错误地杀害了。难道毛主席曾经杀过一个中委、一个将军、一个党代会的代表吗？毛主席对党内斗争的原则是惩前毖后、治病救人，是分清两类不同性质的矛盾，正因为这样，许多犯过错误的同志至今仍然在党中央团结一致的工作。
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终于摆脱政治危机（2）
五、斯大林晚年无论在理论上和实践上都有停滞的倾向。在斯大林时期，苏联农业三十年没有超过沙皇时代的最高水平。他否认对立面的统一，否认否定之否定，实际是丢了辩证法。毛主席正好相反，简直可说是辩证法的化身。他虽已六十几岁，精神比许多青年人都年轻，真正是生动活泼，一往无前。总路线、大跃进、人民公社，是同他对辩证法的深刻了解分不开的，是同他始终充满朝气的精神状态分不开的。
六、斯大林晚年对外犯过大国主义的错误。毛主席对别的国家一向很尊重，朝鲜问题就是一个好例子，对越南蒙古的关系也是这样。对苏联的有些问题，我们也提出过意见，但是并没有妨碍两国的团结。革命过程中总会有些缺点和错误，问题是我们发现得快、纠正得快。
在作了以上六个方面的分析之后，胡乔木引述了恩格斯的名作《论权威》，说明党需要领导者个人的威信，亦即权威，这是党和人民的宝贵财富，必须保卫，决不能破坏。
虽说胡乔木并不赞同“反右倾”，但他作为毛泽东的政治秘书，必须在政治上维护毛泽东。这番长篇发言，是胡乔木的公开表态，意味着他要从被动转为主动。
胡乔木这一长篇发言，毛泽东听了颇为满意。翌日，毛泽东在大会上作长篇讲话，内中不指名地提及胡乔木：
“李锐不是秀才，是俱乐部的人。”“想把秀才们挖去，不要妄想，是我们的人。”
“俱乐部”，指的是以彭德怀为首的所谓“军事俱乐部”（反党集团的代称）。“秀才们”，包括胡乔木、田家英，也包括陈伯达。
这么一来，胡乔木解脱了！
胡乔木担任毛泽东秘书十八年以来，一直紧跟毛泽东，平平稳稳。虽说不久前毛泽东就陈云一事批评了他一回，不算太严重。这一回庐山上，可谓惊心动魄，胡乔木差一点进入“俱乐部”——倘若那句“五八年大跃进出了轨，翻了车”，传入毛泽东的耳朵，知道是他说的话，那就麻烦了。
他还算“机警”，知道风向不对，马上作了那长篇发言，度过了政治危机……
不过，从此之后，他和毛泽东之间，产生了潜在的裂痕。这裂痕，他知，毛泽东知，表面上却仿佛一切如常。
吴冷西曾这样回忆庐山会议中处境艰难的胡乔木吴冷西，《忆乔木同志》，载《我所知道的胡乔木》，当代中国出版社1997年版。：
1959年的庐山会议，是乔木同志一生中的一个重要关节。在会议前期，即所谓“神仙会”期间，乔木同志带领我们起草会议纪要。他对大跃进中的错误提出了尖锐的意见，并系统地写入会议纪要初稿。当初稿受到一些仍有强烈的“左”倾情绪的同志的指责之后，他又在坚持少奇同志提出的“成绩讲够，缺点讲透”的原则下，力求照顾各种不同意见，对初稿加以修改。当修改稿出来以后，会议突然180度转向反右倾，《纪要》受到了更激烈的指责。有些同志把它同彭老总的意见书相提并论，横加攻击。乔木同志和我们这些参加起草的人也受到似是而非的批评。乔木同志当时既迷惑又沮丧，眼看持续半年的纠正“左”倾错误的进程被打断了。有好几天他一句话也不说，脸色阴沉，心事重重。直到毛主席讲了“秀才是我们的人”之后，乔木同志以大局为重，振作精神，为全会起草决议。当错误地批判以彭德怀同志为首的所谓“军事俱乐部”的局势无法改变之后，他仍然想帮助一位起草纪要的参加者。他同田家英同志和我商量，建议这位参加起草工作的人写一封检讨信给毛主席，以求得谅解。乔木同志的这个好心没有得到好报。二十多年之后，这位起草参加者著书立说，扬言他写那封信是“终牛根事”，似乎是乔木同志的建议害了他。尤有甚者，这位起草纪要的参加者在其著作中竟然还说他在庐山会议上保护了乔木和家英。事实恰恰相反，正是这位起草参加者在庐山会议后期，写了所谓“检举材料”，罗列许多“罪状”，告发乔木同志，家英同志和我。彭真，一波和尚昆同志要我们在大会上同此人对质，参加八届八中全会的同志都目睹当时会场上对质的情景。中央为此调查了两个多月，直到十月初毛主席找乔木，家英和我谈话时才算结案。事隔三十多年，知情者越来越少。我责无旁贷，要为乔木，家英两位亡友公开澄清历史事实。
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终于摆脱政治危机（3）
庐山会议从和风细雨变为急风暴雨，是乔木同志一生中从未有过的经历。一个月的紧张局势，使他心身交瘁，从此种下了尔后的极度精神疲劳的病根。
依然是毛泽东政治秘书
从庐山返回北京，胡乔木依然是毛泽东的政治秘书。
到北京不久，1959年9月7日，毛泽东便写了一信给胡乔木——
乔木同志：
诗两首，请你送给郭沫若同志一阅，看有什么毛病没有并加以笔削，是为至要。主题虽好，诗意无多，只有几句较好一些的，例如“云横九脉浮黄鹤”之类。诗难，不易写，经历者如鱼饮水，冷暖自知，不足为外人道也。
毛泽东9月7日
毛泽东所说的“诗两首”，就是他的新作《到韶山》和《登庐山》。信中，毛泽东跟胡乔木如叙家常。
六天之后，毛泽东又给胡乔木一函——
乔木同志：
沫若同志两信都读，给了我启发。两诗又改了一点字句，请再送郭沫若一观，请他再予审改，以其意见告我为盼！
毛泽东9月13日早上
“霸主”指蒋介石。这一联写那个时期的阶级斗争。通首写三十二年的历史。
信中提及的“霸主”，是指《到韶山》中“红旗卷起农奴戟，黑手高悬霸主鞭”一句。
就在写这两封谈论诗词的信中间，9月11日，毛泽东在军委扩大会议上讲话，严厉批判彭德怀等：“有几位同志，据我看，他们从来不是一个马克思主义者，是马克思主义的同路人。他们只是资产阶级分子、投机分子混在我们党内。”
胡乔木依然“评报”，只是不写社论了。从那篇《尼赫鲁哲学》之后，他就没有给《人民日报》写社论——直至1984年8月27日才重新为《人民日报》写了社论《大量吸收先进青年入党》。
他仿佛失去了锐气，常说自己睡眠不好。虽说他患神经衰弱症已经多年，此刻他说自己病症日益加重。
他花费很多时间读书。1960年12月29日，他曾给彭真写了一信——
彭真同志：
袁牧的《黄生借书说》抄一份送上。因未找到普通选本，《四部备要》本头太大不便传送，未将原书送来。
文意颇好（末了还是要借书的早还，并不肯送人，不过这也证明借书之难），可以考虑请人译为白话，写一短文介绍，在《北京日报》或《人民日报》副刊发表。
敬礼
胡乔木
1960年12月29日
离开了毛泽东身边（1）
1961年1月14日至18日，胡乔木在北京出席了中共八届九中全会。毛泽东在会上号召大兴调查研究之风。
会议刚刚结束，1月20日，毛泽东便给田家英写了一信。信中写道：
已告陈胡，和你一样，各带一个调查组，共三个组，每组组员六人，连组长共七人，组长为陈、胡、田。在今、明、后三天组成。每个人都要是高级水平的，低级的不要。……
你去浙江，胡去湖南，陈去广东……
毛泽东自己带头作调查研究，所以派出三位秘书——陈伯达、胡乔木、田家英各率一组下去，规定调查两个月，然后“都到广东过春节”。
那时，由于“高举”那大跃进、总路线、人民公社“三面红旗”，搞“左”的一套，搞得上上下下乱了套。尤其是人民公社，没有章程，全国农村乱了套。毛泽东派出调查组，为的是调查农村情况。
1961年2月23日，三个调查组在广州会合。毛泽东听了汇报之后，召开会议，着手起草人民公社工作条例。出席会议的有陶铸、陈伯达、胡乔木、田家英、廖鲁言、###、邓力群、许立群、王力、王鲁、逄先知等。胡乔木参加了起草工作。
1961年3月22日，中央工作会议通过了《农村人民公社工作条例（草案）》（即《六十条》）。翌日，又通过了由胡乔木起草的《中共中央关于认真进行调查工作问题给各中央局、各省、市、区党委的一封信》。信中写道：
“最近发现的毛泽东同志1930年春所写的《关于调查工作》一文，是一个极其重要的文件，有十分重大的理论意义和实践意义。现在中央决定将这篇文章发给全党高级及中级干部学习……
“中央认为，最近几年的建设成就是伟大的，证明总路线、大跃进、人民公社的方向是正确的。但是在农业、工业等方面的具体工作中，也发生了一些缺点错误，造成了一些损失。这些缺点错误�