当康有为于八月初三早上奉光绪密诏，要他速赴上海时，新党的人知道这是红色的警号，表示光绪皇帝的处境，危机四伏。因此康有为立即写了一个谢恩的奏折，声称决于初四日离京去沪，同时矢誓要拼命拯救皇帝。这封奏折交林旭带回宫去。然后康和谭嗣同、梁启超、康广仁（康有为的兄弟）等筹商营救皇帝，和应付当前局势的办法。大家哭了一场，决定了几个紧急步骤：一是由谭嗣同去找袁世凯摊牌，要袁站在光绪这一边，以兵力保卫皇帝；一是由梁启超到金顶庙容纯甫那儿去刺探消息。而康有为则分向各方写告别信，收检行李，直忙到天亮。初四早晨九点钟，康往访英籍友人李提摩太，要见英国公使，而英公使到北戴河避暑去了。又去看伊藤博文，希望伊藤能往见慈禧，劝太后勿对光绪不利。
谭嗣同是初三晚上由南海会馆到法华寺袁的寓所见袁的。袁世凯在初一和初二都蒙光绪召见，初三晚上忽然见到光绪所亲信的京卿谭嗣同来访，当然知道一定有重大事件。他佯作镇静地迎接这位不速之客。他们坐定后略作寒暄，谭就单刀直入地问袁：“皇上是何等样人？”袁答：“当然是旷代圣主。”谭说：“天津阅兵要行废立的事，足下知道吗？”袁说；“也曾风闻。”于是谭就拿出光绪的手诏给袁看，然后对袁说：“当前能救皇帝的，只有足下，足下忠义著于天下又受皇帝特达之遇，今值皇上有难，足下若能救则救，如不愿意的话，”说至此谭嗣同摸摸自己脑袋：“可往报太后，谭嗣同的头颅可换足下的高位。”袁听了变色说：“足下把袁某当作何等样人？圣主是我辈共同拥戴的，足下与我同受圣主特达之遇，救护之责也是共同的，足下有何高见，某愿闻其详。”谭以低沉而严肃的语气对袁说：“传说荣禄奉太后密诏，预备趁天津阅兵的机会，胁迫皇上退位，另立新君。荣禄所恃的，是足下和董、聂三支军队，他要行废立大事也必需赖这三支兵力。董、聂二军如与足下新军对抗，必非敌手，天下健者惟有足下。愚意以为，如果祸变发生，足下以新军压制董、聂两军，护卫皇上，驱逐旧党，整肃宫廷，这是千秋大业，不朽的功劳。”袁也以严肃的口气答说：“如果天津阅兵有变，皇上可移驾到世凯营中，传谕杀贼，新建陆军必能受诏完功的。”谭见已入港乃追问一句：“荣禄待足下有恩，足下如何能对付他呢？”袁一脸忠义之色答：“救君父是公，荣禄之情是私，公私不能两全，惟有奉公而忘私。”谭觉得袁的确可以托以重任，于是就和袁详详细细地商量种种细节。最后袁对谭说：“现在营中枪弹火药都在荣禄手中，事情既然如此急迫，仆必须先回天津去做一番布置。”两人互相叮嘱一番，这时已是午夜，谭才告别。
谭嗣同午夜访袁，本是政治上一个大冒险，但是政治上的重要关头，任何行动总有三分冒险性，当时情势也实在没有别的路可走，明知是险棋也只好下了。据说林旭不赞成谭找袁，所以曾写了一首诗给谭：“伏蒲泣血知无用，慷慨何曾报主恩，愿为公歌千里草，本初健者莫轻言。”这首小诗是借东汉末年何进召董卓兵入京诛宦官故事来警告谭。千里草是指董卓，本初则指袁绍，都是影射袁世凯。
袁世凯当时是一种什么心境，实在很难说，他后来曾写过一篇文章叙述整个事情的经过，在那上面全是为了洗刷自己而作的交待，至于康梁后来所写戊戌政变的文章，则是相反的说法。不过袁的任何决定，当然是他个人对自己人格道义以及历史的一个很重要的决定。袁是个聪明机警，同时政治触角很敏锐的人，他所作的决定，自然是经过了慎重的考虑，同时也是衡量过成功和失败的轻重。要知道当时的袁是一个新旧两派的骑墙人物，他在新派中还是个守旧的。他如果拥戴光绪成功，大功只在康、梁、谭等之下，何况与维新人物共事，无论在学识和政见上都屈居康、梁、谭之下；可是如果他出卖光绪和维新派，则他就是第一大功，在守旧派诸人中，除了李鸿章外，他便是第一等人物。他完全不把守旧派的人放在眼中。在新旧之间的选择，投奔守旧派对他是有利的。
谭嗣同与袁世凯初三日晚密谈后，光绪听了很高兴，于是初五日再召见袁世凯予以嘉勉。
袁世凯在八月初五日第三度蒙光绪召见后，立即搭火车返天津。傍晚抵津，下车后即往见直隶总督荣禄，把谭嗣同的计划和盘托出。当晚密谈到午夜，第二天早上二度密谈，第二天晚上三度密谈，并晚餐。这时慈禧垂帘训政的电报已到达。因为在初五晚上袁第一次向荣禄报告后，荣禄亲自入京向慈禧报告一切，初六日早上慈禧即以迅雷不及掩耳的手段采取行动了。
事实上过去一个月中，慈禧听到的尽是新党要作乱的消息，而直接要求慈禧重行训政的，则是广西道监察御史杨崇伊。他于八月初三日，就是政变前三日，曾上疏奏请维新变法不当，而要求太后重行垂帘训政以转危为安，疏云：“掌广西道监察御史臣杨崇伊跪奏：为大同学会盅惑士心，紊乱朝局，引用东人，深恐贻祸宗社，吁恳皇太后即日训政，以遏乱萌，恭折仰祈慈鉴事：臣维皇上入承大统，兢兢业业廿余年，自东瀛发难，革员文廷式等冒言用兵，遂致割地偿款。兵祸甫息，文廷式假托中愤，与工部主事康有为等号召浮薄，创立南北强学会，幸先奉旨封禁革逐，未见其害。乃文廷式不思悔过，又创大同学会，外奉广东叛民孙文为主，内奉康有为为主，得黄遵宪、陈三立标榜之力，先在湖南省城开讲，抚臣陈宝箴倾言崇奉，专以讪谤朝廷为事，湘民莫不痛恨。今春会试，公车骈集，康有为偕其弟康广仁及梁启超来京讲学，将以煽动天下之士心。幸士子读书明理，会讲一二次即烛其奸诈，京官亦深知其要，遇有贪鄙者依附之，而唾骂者十居八九。不知何缘，引入内廷。两月以来，变更成法，斥逐老成，借口言路之开，以位置党羽，风闻东洋故相伊藤博文即日到京，将专政柄。臣虽得自传闻，然近来传闻之言，其应如响。伊藤果用，即祖宗所传之天下，不啻拱手让人。臣身受国恩，不忍缄默，再四思维，惟有仰恳皇太后追溯祖宗缔造之难，俯念臣庶呼吁之切，即日训政，召见大臣，周谘博访，密拿大同会中人分别严办，以正人心，庶皇上仰承懿训，天下可以转危为安。臣愚昧之见，缮折密陈，伏乞皇太后圣鉴。谨奏。”
杨崇伊上奏经过，（徐）凌霄一士随笔中记载甚详，内云：“御史杨崇伊之以危词耸后听政也，具折后谒庆亲王奕劻，蕲代奏。奕劻有难色，崇伊曰：此折王爷已见之矣，如日后闹出大乱子来，王爷不能诿为不知也。奕劻乃诺之，至颐和园见后，面奏崇伊有折言事。后犹作暇豫之状曰：闲着也是闲着，拿过来看看吧。既阅而色变，立召见诸大臣。”
杨崇伊字莘伯，江苏常熟人，光绪六年庚辰进士，由庶常授编修。光绪廿一年（1895年）授御史，就任后第一疏即于是年十一月首劾康有为、梁启超在北京所创设的强学会。结果奉旨查禁。光绪廿二年（1896年）又疏参翰林院侍读学士文廷式革逐回籍。文廷式是光绪宠爱的瑾妃和珍妃的老师。照常理而言，杨崇伊发难于先，告变于前，他个人能揣摸慈禧的心理，抓住时机，应该可以从此青云直上。却不料慈禧亲政后他并没有大富大贵。这与袁世凯对比，两人各自有命了。
杨不仅没有飞黄腾达，反而潦倒不堪，光绪卅四年（1908年）八月，以浙江后补道丁忧回籍守制，寄寓扬州，竟持枪纠众抢夺妓女，被江苏布政使瑞澂参劾，驱逐回常熟原籍，交地方言严加管束。
八月初六日的早上，慈禧乘銮舆直入光绪寝宫，把所有文件都拿走。光绪惊惶失措，战战兢兢地跪在太后面前，太后指着光绪恨恨地说：“我抚养你廿余年，你今天竟听信小人之言要谋害我，你还有良心吗？”光绪脸无人色，嗫嚅地说：“儿子怎敢！”慈禧说：“呸！痴儿，今日没有了我，明天还会有你吗！”
就在这一天，慈禧传旨重行临朝训政，理由是皇帝有病，需要休养。至于光绪皇帝，则被安置在三面环水的瀛台中“养病”。
慈禧重掌政权后，立即命步军统领崇礼率兵前往宣武门外的南海会馆捉拿康有为。康已于初五早上离开北京，崇礼只捕到康广仁和康的弟子程式毅、钱维骥。又去查抄了张荫桓寓所，把张也捕去。在搜捕康有为时，梁启超正在谭嗣同的寓所，听到了政变的消息，两人相对黯然。谭这时很镇静，慨然对梁说：“在这以前我们一心想救皇上，可是到现在则连救康先生也没有办法了，我现在只好等死，你赶紧到日本公使馆找伊藤博文，请他通知日本上海领事，设法援救康先生。”梁到日使馆后，外面情形更恶化，他便请日使馆给予政治庇护。谭在家中一直没有事，初七还跑到日使馆去看梁。梁和几个日本友人劝谭逃到日本去，谭说；“变法是大事业，应该流血的，中国人还没有为变法流过血，我愿以死来答报圣主。”谭在初十被捕，他在监中题了一首绝命诗在墙壁上：“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”御史杨深秀在政变后竟上疏责问皇帝被废的原因，并反对慈禧训政，于是他便被捕了。初九早上杨锐在床上被捕。林旭是在军机处被扣。刘光第、徐致靖则是自己投案。
八月十三日下午二时，慈禧传旨：“谕军机大臣等：康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等大逆不道，着即处斩。”下午四时，康等被押赴宣武门外菜市口行刑。康广仁首先受刑。谭嗣同就刑之前，对监斩官刚毅说：“过来，我有话讲。”刚毅红着脸走开。林旭厉声问：“我们未经审讯，究竟犯了什么罪？”这六个人是维新变法后，戊戌政变的牺牲者，后人便管他们叫“六君子”。张荫桓被遣戍新疆。徐致靖则被判永远监禁。其他株连坐罪的尚有李端棻、翁同棻、黄遵宪、张元济、宋伯鲁、陈宝箴、陈三立等20余人，或被发配，或革职永不叙用，或被囚禁，或交地方官严加管束。
六君子的简历如下：
康广仁：是康有为胞弟，习西医，因照料兄病赴京，维新后留京佐理康有为的文书。
杨深秀：山西人，曾任山东御史，力赞新政，曾劾守旧派许应。
杨锐：四川人，曾任内阁侍读，为张之洞得意门生，曾赞助强学书局，后加入康所成立的保国会。
林旭：福建人，曾任内阁中书，为荣禄幕客，是康的弟子。
谭嗣同：湖南人，江苏候补知府，才气纵横，学识渊博，曾在湖南倡行新政，极有成效。是康的私淑弟子。
刘光弟：四川人，刑部主事，曾参加保国会。
康有为挽六君子联云：
殷干酷刑，宋岳枉辱，臣本无恨，君亦何尤？魂魄果有灵，当效正学先生，启口问成王安在？
汉室党锢，晋代清谈，振古如斯，于今为烈。邦家况多难，恰如子胥相国，悬睛看越寇飞来。
慈禧重新训政后，立即把新政全部推翻，已裁汰的衙门和冗员一体恢复，八股文仍然交运，武科照旧考箭刀弓石。维新变法唯一留到后世的政绩，只有一个京师大学堂，便是北京大学的前身。
维新运动失败的因素很多，西太后不支持是最大的原因。事实上，西太后是代表守旧派，而守旧派则不只是几个人，相反的守旧派力量很大，不只在朝中，在野的很多读书人也是顽固地反对变法。中国读书人都是标榜奉行先王之法，所以倡行变法就是大逆不道，而变法的人也总是托古改制。
康有为提倡变法时，卫道者便群起而攻，如湖南的叶德辉给皮鹿门信中就说：“宁可以魏忠贤配享孔庭，使奸人知特遁之足贵，断不可以康有为扰乱时政，使四境闻鸡犬之不安；其言即有可采，其人必不可用。”又对人形容康有为：“其貌则孔，其心则夷。”
直接激起官场中整个反对的，是因为新政如果进行，就要打破了许多人的饭碗。在裁詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺等六个闲衙门的上谕颁布后，北京城内的官吏群情大哗。接着又要裁撤湖北、广东、云南三个巡抚，一个东河总督和许多不办运务的粮道，无盐场的盐道衙门。上谕中还说：“其余京外应裁文武各缺，命大学士、六部、各省将军、督抚，分别详议以闻。”于是“群情大骇，谓帝大背祖宗制度，皆赴宁寿宫请太后保全，收回成命。”
还有“废八股试帖楷法试法”表面上虽然没有妨害任何人，实际上也影响极大，因为当时整个教育内容便是为了考八股，无数的读